本土寺（ほんどじ）は、千葉県松戸市平賀にある、日蓮宗の本山。山号は長谷山。塔頭が一院ある（仏持院）。
本土寺は、池上の長栄山本門寺、鎌倉の長興山妙本寺とともに「朗門の三長三本」（さんちょうさんぼん）(新潟県三条市の長久山本成寺を含めて四長四本ということもある）と称されている。「朗門」とは日蓮の弟子日朗の門流という意味であり、「三長三本」とは、上記3か寺の山号寺号にいずれも「長」「本」の字が含まれることによる。
近年、境内には茶室も整備され、1000本のカエデ・5000株のハナショウブ・10000株のアジサイの名所として人気を集め「あじさい寺」として親しまれている。本土寺過去帳は、歴史を語る重要な資料である。