壱岐神社（いきじんじゃ）は、長崎県壱岐市に鎮座する神社である。
祭神の亀山天皇、後宇多天皇は元寇の役に日本国の危き時に国家安泰を祈願した。また祭神の小弐資時公は元寇で命を捧げた。 祭神は、国難事変に際して神威を顕し、平時に於ては国家の平和を護り給う神々である。 壱岐島民は昭和3年（1928年）以来、壱岐神社御創建の事業を進め、昭和19年（1944年）本殿の建設を実現した。昭和23年（1948年）11月3日に御祭神三柱の鎭座祭を執行し、同27年（1952年）には壱岐護国神社の鎭座祭を執行した。壱岐で一番新しい神社である。