妙源寺（みょうげんじ）は、東京都葛飾区堀切3-25-16にある日蓮宗寺院。山号は正覚山。旧本山は佐野妙顕寺、潮師法縁。
天目が嘉元2年（1304年）または建武年間（1334年－1336年）に創建した。日珖（1696年没）が、本所番場町（現在の墨田区東駒形）に移転し再興した。江戸幕府の金座役人後藤家等の菩提寺となる。関東大震災後、現在地へ移転した。
東京都指定文化財の安積艮斎（江戸時代後期の昌平坂学問所の儒者）の墓がある。