瑜伽神社（ゆうがじんしゃ）は、奈良県奈良市高畑町にある神社。
社伝によると飛鳥神奈備が平城奠都とともにこの地に移り、この山を平城の飛鳥山と呼んだという。もとは元興寺禅定院の鬼門除鎮守の社で、後に興福寺大乗院が山麓に建つに及び、その守護神として藤原氏等の崇敬を受けた。
飛鳥の元宮に対し今宮と呼ばれた。『大乗院寺社雑事記』明応3年（1494年）12月30日の条に、「一後智恵光院殿御建立之分（中略）今宮殿御殿 同拝殿仮葺也」とある。瑜伽神社と称するようになったのは比較的最近のこととしている。
この辺りは中世の瑜伽山城あるいは西方院山城・鬼薗山城の跡とみられており、西隣の奈良ホテルが建つ山を鬼薗山、東の瑜伽山一帯を西方院山と呼ぶのが一般的である。いまも広い台地と濠の跡が残っている。