祇園寺は茨城県水戸市八幡町の曹洞宗寺院。
明の心越禅師（しんえつぜんじ）の開山、徳川光圀公の開基による。心越は廷宝5年（1677年）に来日し、天和元年（1681年）光圀公の招請で水戸の天徳寺に住し、元禄8年（1695年）の死去までこの寺で過ごした。
正徳2年（1712年）四世大寂界仙（だいじゃくかいせん）のとき、従来の岱宗山（たいそうざん）天徳寺を河和田村に移し、そのあと壽昌山（じゅしょうざん）祇園寺と改め、心越禅師をもって開山とした。曹洞宗寿昌派の本山となり、知行100石を与えらる。
境内には心越の墓塔、元禄7年（1694年）建立の穢跡（えせき）金剛尊天堂、水戸藩重臣で幕末期に諸生派として活躍した市川氏・朝比奈氏らの墓所がある。