温泉寺（おんせんじ）は兵庫県神戸市北区にある黄檗宗の仏教寺院。山号は有馬山。本尊は薬師如来。宗派はもとは真言宗であった。
縁起によれば、724年、行基により有馬温泉郷の傍、六甲山系は愛宕山の中腹に開かれたとされ、鎌倉時代の仁西を中興の祖とする。
1576年に火災で全山焼失したが直ちに北政所によって再建された。 その後再び火災にあい、1582年に現在ある薬師堂が建立された。しかし明治時代初めの廃仏毀釈で、1590年に豊臣秀吉が有馬大茶会を開催したとされる阿弥陀堂も含め、薬師堂以外の堂塔は全て取り壊されてしまった。その後、廃寺となった旧温泉寺の奥の院であった黄檗宗清涼院が寺籍を継いで現代に至っている。
境内には資料館「御祖師庵」が設けられ、寺の歴史に関する資料が展示されている。