宝塔寺（ほうとうじ）は、京都府京都市伏見区にある、日蓮宗の寺院。山号は深草山。旧本山は、大本山妙顕寺。奠師法縁。
寺名は日像が京都の七口（京都に入る7つの街道の入口）に建立した題目石塔の1つを日像の廟所に祀ったことによる。平安時代に藤原基経の発願により創建され源氏物語にも言及される極楽寺が前身である。