石峯寺（せきほうじ）は、京都市伏見区にある寺院。宗旨は黄檗宗。山号は百丈山（ひゃくじょうざん）。本尊は釈迦如来。石峰寺とも表記する。
正徳3年（1713年）、黄檗山大本山萬福寺の第6世千呆性侒（せんがいしょうあん）が開創した。石峯寺は平安時代中期に摂津国多田郷に建てられた沙羅連山石峰寺に発するという。兵火に遭い、寺は焼亡したが、本尊の薬師如来像は土中から慶長元年（1596年）に発見されたとされ、京都五条橋東あたりの祠に祀られていた。この薬師如来を尊崇する千呆和尚が、正徳3年、いまの深草の地に移したという。その後２度の本堂焼失により現在は釈迦如来になっている。なお寺号の表記は、石峯寺、石峰寺ともに用いる。
寺の境内裏山にある五百羅漢の石像群は、絵師の伊藤若冲が下絵を描き、当寺の住職と協力して制作したもので、「若冲五百羅漢」としていまも親しまれている。また観音堂の格天井には若冲が天井画を描いた。しかし観音堂は幕末の安政6年（1859年）以前に破却され（理由は不明、安政の大地震によるものか）、天井画は寺外に流出、現在は信行寺（左京区）や義仲寺（大津市）が所蔵している（信行寺は通常非公開。義仲寺は複製を展示）。
若冲は寛政12年（1800年）9月10日、85歳の生涯を石峰寺門前の自宅で閉じ、同寺に葬られた。 当寺には若冲の墓があり、平成12年（2000年）から毎年9月10日に若冲忌を営んでいる。
2007年5月、石像の地蔵菩薩約30体が倒され、うち5体が損壊していた事件が起こる。
2012年、写真家を名乗る人が連れたグループが撮影会と称し、石像に帽子をかぶせたりロウソクを点けたりして柵内に入ったりしたため、石像保存の観点より現在はスケッチ・写真撮影が全面的に禁止されている。