隠岐神社（おきじんじゃ）は、島根県隠岐諸島の島前（どうぜん）、中ノ島（隠岐郡海士町）に鎮座する神社である。社格は旧県社。
承久3年（1221年）、承久の乱によって隠岐へ配流された後鳥羽天皇（配流時は法皇）は、当地の源福寺を行在所とし、旧在庁官人で海士郡の公文、田荘両職を兼帯した村上氏が身辺警護と監視にあたっていたともいわれている。19年後の延応元年（1239年）2月22日に崩御して同25日に源福寺裏山で火葬にされ、遺灰を埋納して火葬塚を営んだ。万治元年（1658年）、松江藩主松平直政が廟殿を造営し、明治まで維持に努めたが、明治2年（1689年）に廃仏毀釈の影響で源福寺は廃寺（後に復興された）。
海士町の後鳥羽院資料館に所蔵される絵図（江戸末期の様子）には、この火葬塚の場所に「後鳥羽院神社」（創建不詳）が描かれており、江戸末期には、島民によりここで祭祀が行われていたといわれている。しかし、明治6年、法皇の御霊を大阪府三島郡島本町の水無瀬神宮に奉遷したため、翌7年に後鳥羽院神社も取り払われた。なお、神社が取り払われての後も、祭祀が続けられていたといわれる。後に、この神社を中心とした旧源福寺境内地は、後鳥羽天皇の隠岐の御陵「御火葬塚」とされた。
隠岐神社は、昭和15年（1940年）の紀元二千六百年の奉祝事業の一つとして島根県が創建したもので、同14年に完成し、同18年には県社に列せられている。鎮座地は「御火葬塚」に隣接している。
なお、神社が完成した昭和14年（1939年）は、法皇の崩御700年に執り行われた「後鳥羽天皇七百年祭」の年でもあった。。