薬師寺は岐阜県不破郡垂井町表佐1675の曹洞宗寺院。
六歌仙の一人、在原業平（ありわらのなりひら）が美濃権守（ごんのかみ）として赴任した元慶3年（879）に建立し、在原業平寺と呼ばれていたという。
天明2年（1782）、大本山永平寺47世天海薫元（てんかいくんげん）が再興して、曹洞宗に改宗された。