金剛寺（こんごうじ）は、東京都日野市高幡にある真言宗智山派別格本山の寺院。高幡不動尊の通称で知られる。本尊は大日如来。高幡山明王院金剛寺と号する。
草創は古文書によれば大宝年間（701 - 704）以前とも、奈良時代行基菩薩の開基とも伝えられるが、寺伝によれば平安時代初期に円仁（慈覚大師）が清和天皇の勅願により東関鎮護の霊場を高幡山山上に開いたのが始まりとされる。江戸時代、真言宗関東十一檀林の談義所として、多くの学僧を輩出している。
以来、「高幡のお不動さん」と呼ばれ人々の信仰を集めており、毎月28日の縁日には多くの参詣者で賑わう。成田山新勝寺などとともに、関東三大不動の一とされる。なお、関東三大不動の他の1つは不動ヶ岡不動（總願寺）、大山不動（大山寺）あるいは高山不動（常楽院）とされている。
新選組副長として活躍した土方歳三の菩提寺である縁から境内には土方歳三の銅像や殉節両雄の碑がある。 歳三の墓のある愛宕山石田寺（あたごさんせきでんじ）は末寺のひとつである。
都内有数のアジサイの名所としても知られ、6月上旬には境内奥の山には山アジサイが咲く。その他のあじさいは6月終わり頃までが見ごろである。