熊本総鎮守といわれている藤崎八旛宮は、熊本市を代表する神社の一社で、石清水五所別宮の一社でもあり広く信仰を集めます。一千年以上の歴史をもつ例大祭は肥後国第一の大祭と言われ、親しまれています。
社名は天文11年(1548年)の後奈良天皇宸筆の勅額によるもので、藤崎八幡宮ではなく藤崎八旛宮と書きます。
創建は承平5年(935年)で、平将門の乱平定を祈願するため朱雀天皇の勅願で京都府八幡市・男山にある石清水八幡大神を茶臼山(現在の藤崎台球場)に勧請したことがはじまりです。勧請の勅使が鎮座の際に京都男山の藤で出来た神馬の鞭を３つに折り、３ヶ所に埋めると藤が繁茂したことに由来しているといわれています。
主祭神には武神であり武運長久・諸業繁栄・国家鎮護の神である應神天皇、そして厄祓いと海上渡航安全、交通安全の神である住吉大神、應神天皇の御母神子宝・安産・育児に霊験あらたかな神功皇后(聖母八幡)の三柱が藤崎八旛大神として奉斎されています。
明治10年(1877年)に西南戦争で社殿が焼失し、現在の井川渕町に本殿が造営されます。平成22年4月1日に藤崎八旛宮應神天皇千七百年式年奉幣祭記念事業が斎行され、諸社殿の修復工事が行われました。
摂社に武内社、末社に六所宮、先師社、荒人社、菅原社、三光宮、日田社、灰塚社、御崎社、藤井恒社。