皇大神社（こうたいじんじゃ）は、京都府福知山市大江町内宮にある神社。旧社格は府社。元伊勢伝承地（吉佐宮）の1つ。
現在伊勢神宮の祭神である天照大御神は、古くは宮中に祀られていた。この状態を畏怖した天皇の命で、崇神天皇6年から鎮座地を求めて各地を転々とした。垂仁天皇25年最終的に伊勢に落ち着くが、それまでの間に訪れた一時遷座地は、各地で元伊勢として語り継がれた。
当社はそうした元伊勢伝承地の1つで、「但波（丹波）国乃吉佐宮」 の旧跡にあたる。そのため「元伊勢」を冠して称され、また特に皇大神宮（伊勢神宮内宮）の元宮であるとの伝承から、元伊勢皇大神宮または元伊勢内宮とも称される。
市内大江地域には当社を加えて以下の元伊勢伝承の神社があり、総称して「元伊勢三社」と呼ばれている。