京都霊山護国神社（きょうとりょうぜんごこくじんじゃ）は、京都府京都市東山区にある神社である。神紋は桜に菊。
1862年（文久2年）、時衆霊山派の正法寺の朱印地のなかの神道葬祭場霊明社において有志者による神葬祭が行われた。
1868年6月29日（慶応4年5月10日）、明治天皇から維新を目前にして倒れた志士たち（天誅組など）の御霊を奉祀するために、京都・東山の霊山の佳域社を創建せよとの詔・御沙汰が発せられた。それに感激した京都の公家や山口・高知・福井・鳥取・熊本などの諸藩が相計らい京都の霊山の山頂にそれぞれの祠宇を建立したのが神社創建のはじまりであり、招魂社である。靖国神社より古い歴史を持つ。
当初の社号を霊山官祭招魂社と称し、社格にはとくに「官祭社」に列し国費で営繕されてきた。1936年（昭和11年）、支那事変（日中戦争）をきっかけとして国難に殉じた京都府出身者の英霊を手厚く祀ろうという運動がおき、霊山官祭招魂社造営委員会が組織され、境内を拡大して新たに社殿を造営した。
1939年（昭和14年）4月1日、内務大臣布告によって現在の社号である京都霊山護国神社と改称された。GHQ占領下においては京都神社に改称していたが、独立後は元の社名に復した。1970年（昭和45年）、境内に明治維新関係の資料を展示する「霊山歴史館」が開館した。
祭神の中には京都で暗殺された坂本龍馬も含まれ、ほかに、木戸孝允、中岡慎太郎、頼三樹三郎、梅田雲浜、吉村寅太郎、平野国臣、久坂玄瑞、高杉晋作、宮部鼎蔵ら幕末勤王の志士1,356柱、明治以降の日清戦争、日露戦争、太平洋戦争などの戦死者を合わせ約73､000柱が祭神として祀られている。 また、平成24年4月には特攻勇士の像が建立された。