藤森神社（ふじのもりじんじゃ）は、京都府京都市伏見区に鎮座する神社である。旧社格は府社。
5月5日に行われる駈馬神事や、菖蒲の節句の発祥地として名高い。6月から7月にかけて紫陽花苑が公開され、3,500株にもおよぶ紫陽花が見もの。
本殿（中座）に主祭神である素盞嗚命と、別雷命、日本武命、応神天皇、神功皇后、武内宿禰、仁徳天皇を祀り、東殿（東座）に天武天皇と崇道尽敬皇帝（舎人親王）を、西殿（西座）に崇道天皇（早良親王）と伊予親王、井上内親王を祀る。本殿の祭神は神功皇后による三韓征伐にまつわる神、東殿に周辺地域一帯の「地主神」と考えられる神、西殿に怨霊や厄神を宥めるための御霊神が祭られている
また当社は藤森天王社ともいわれ、御霊信仰に基づく神社でもあるが、これは祭神の早良親王が延暦4年（785年）の藤原種継暗殺事件に連座し、廃太子され早世したことによる。
祭神が多いのは、元々深草郷にあった真幡寸（まはたき）神社、藤尾社、塚本社などの諸社を中世に合祀したためと考えられている。