霊雲院は京都府京都市右京区花園妙心寺町39の臨済宗妙心寺派寺院。
大永６年（１５２６）薬師寺備後守国長の室・霊雲院清範尼のもとめにより、大休国師がその師・特芳和尚を開山として創立した妙心寺四派本庵の一つである。
書院（重要文化財）は室町時代末期のもので、西北の間を後奈良天皇御幸の間と伝え、書院造初期の構造を示している。
庭園（名勝史跡）は是庵の作と伝え、室町時代末期の枯山水で極めて狭小な地域に絵画的手法をもって樹石を配置している。寺宝に狩野元信筆・紙本水墨淡彩・山水花鳥図４９幅（重要文化財）がある。