船魂神社は北海道函館市元町7番2号の神社。
保延元年（西暦1135年）崇徳天皇の御代、融通念仏宗開祖、良忍上人がこの地に着き、ここは神霊の宿る処と里人に伝え、海上安全を祈念して奉られたのが起源であり、北海道最古の神社と云われている。
古くは船魂大明神として奉られ、明治12年に村社に列せられた。
相殿に奉られている愛宕神社は、箱館城主、河野加賀守が愛宕山に創祀した神社で、往昔は無火神社と称した。明治13年、平塚時蔵総代他が開拓書記官 時任為基に願い出て、船魂神社に合祀された。