黒肥地神宮は熊本県球磨郡多良木町黒肥地1278番の神社。
創建は大同2年(807)　日向国(宮崎県)の住人・土持太郎、田部忠網が久米蓑毛(現・多良木町久米)に墨、多良木源島に帝廟(天子のみたまや)を勧請した。その後現在地に遷座した。
楼門は応永23年(1416)、相良頼久によって建立されたが、その後、数回にわたって修復されている。
明治元年(1868)に黒肥地神宮(くろひじじんぐう)と改称。
明治40年(1907)の修復で、上層の桁から上が新規に造りかえられたが、下層は創建当時のおもかげを残し、全体の意匠もすばらしい。禅宗様を基本にした室町時代の貴重な建築である。