甲佐神社（こうさじんじゃ）は、熊本県上益城郡甲佐町に鎮座する神社である。肥後国二宮で、旧社格は郷社。
阿蘇神社（阿蘇市）、郡浦神社（こうのうらじんじゃ、宇城市）、健軍神社（けんぐんじんじゃ、熊本市東区）、と共に阿蘇四社と称せられる。肥後南方の守護神。
もともと鏑崎宮（かぶらざきぐう）と称したが、神功皇后凱旋ののち、甲冑を納められたので甲佐宮と改めたと言われる。甲佐三宮大明神とも称するのは、一殿に甲佐、二殿に阿蘇、三殿に郡浦の三神を祀るためである。鎌倉時代の武士・竹崎季長が 『蒙古襲来絵詞』を奉納した。