石薬師寺（いしやくしじ）は、三重県鈴鹿市石薬師町にある、真言宗東寺派の仏教寺院。山号は高富山（たかとみざん）。院号は瑠璃光院（るりこういん）。本尊は薬師如来。
寺伝によれば、神亀3年（726年）泰澄が、当地で巨石の出現を見、薬師如来の示現と悟り、草庵を設け供養したことが、当山の開創とされている。その後弘仁3年（812年）空海（弘法大師）が、巨石に薬師如来を刻み開眼法要を行い、人々の信仰を集めたことにより、嵯峨天皇（在位809年 – 823年）は勅願寺とし、荘厳な寺院を建立し、名を高富山西福寺瑠璃光院と称していたと伝える。
天正年間（1573年 – 1592年）の兵火により焼失している。寛永6年（1629年）になって、当時の神戸城城主一柳監物が、諸堂宇を再建した。現在の本堂はこの時のものである。
元和 (日本)2年（1616年）に、東海道五十三次の宿場 石薬師宿にちなみ、高富山瑠璃光院石薬師寺と改称し、今日に至っている。本堂内には、秘仏本尊薬師如来（鈴鹿市指定文化財）、紀州徳川家寄進の脇侍日光菩薩、月光菩薩ほか、十二神将、地蔵菩薩、大日如来、不動明王が安置され、大師堂には知恵弘法と呼ばれる弘法大師像を安置している。