白鳳時代に交野地区で権力を振るっていた交野郡衛により創建され、同じ時期に建立された長宝寺とともに奈良・平安にかけての神仏習合の社寺として栄えた。鎌倉時代初期に長宝寺が焼失し廃寺となった後は、この郡津神社だけが氏神信仰の中心として栄えたという。