三輪神社（みわじんじゃ）は、岐阜県揖斐郡揖斐川町にある神社であり揖斐川の総鎮守である。旧社格は県社。
創建時期は不詳だが、鎮座地は、奈良時代には大野郡大神郷（おおみわごう）として存在し、氏子区内には口分田跡が広く確認できることから、古代より三輪氏がこの地で大きな力を持っていたと考えられる。
社伝によると、神武天皇の代、諏訪大社のご祭神、武御名方富命（諏訪大社の祭神）が当地に三輪明神を祀ったのが最初という。創建当時は播隆山の中腹にあった。
803年（延暦22年）、最澄が自作の薬師如来像（比叡山延暦寺の薬師如来像と同じ霊木で造られた像）を背負いながら諸国を旅をしていたとき、三輪の地で三和次郎大夫藤原助基と出会い、横蔵寺を建立したという。このことから、江戸時代までは西国三十三所観音霊場第三十三札所の華厳寺を参拝する前に、三輪神社に般若心経を拝読していたという。
本殿は1315年（正和4年）再建後、1577年（天正5年）に斎藤道三の旧家臣である堀池千代壽丸により現在の地に移された。その後、1602年（慶長7年）に揖斐城城主西尾光教、1672年（寛文12年）に揖斐陣屋旗本岡田善政により修復が行われたが、1959年（昭和34年）の伊勢湾台風で大木の倒壊により大きな損傷を受けてしまう。現在の本殿は1961年（昭和36年）、無事だった古材をできる限り使用し、鎌倉時代の姿に再建したものである。