妙本寺（みょうほんじ）は、神奈川県鎌倉市大町にある、日蓮宗の本山（霊跡寺院）。山号は長興山。
妙本寺のある谷戸は、現在は比企谷（ひきがやつ）と呼ばれ、鎌倉時代には比企能員一族の屋敷があった。比企能員は、源頼朝に仕えた御家人で、頼朝の乳母・比企尼の養子にあたり、妻は源頼家の乳母、娘の若狭局は頼家の妻となり頼家の子・一幡を生むなど、源氏とは深い関係を持った。このため、頼朝の妻・北条政子の実家である北条氏とは対立するようになった。1203年（建仁3年）頼家が病気で倒れると、次の将軍を誰にするかで、千幡（後の源実朝）を推す北条氏と、若狭局が生んだ一幡を推す比企氏の間で争いが起きた。能員は頼家と北条氏討伐を謀るが察知され、名越で殺害され、比企一族は比企谷の谷戸（小御所）に篭って北条氏らの軍勢と戦うが敗れ、屋敷に火を放って自害した（比企能員の変）。若狭局は、池（蛇苦止の池）に身を投げて自害し、一幡も戦火の中で死んだ。能員の末子・能本は生き残り、後に京都へ行き、順徳天皇に仕え、承久の乱で順徳天皇が配流になると、佐渡まで供をした。彼の姪にあたる竹御所（源頼家の娘）が4代将軍九条頼経の妻になったことから許されて鎌倉に帰った。1234年（文暦元年）竹御所は出産時に死去する。自仏像であった釈迦如来像を祀るため、新釈迦堂の建立を遺言する。1235年（嘉禎元年）新釈迦堂が建立する。竹御所は新釈迦堂のその下に葬られた。1243年（寛元元年）仙覚が新釈迦堂の寺住となる。1246年（寛元4年）仙覚は万葉集の校訂を成し遂げる。1253年（建長5年）能本は日蓮に帰依する。1260年（文応元年）能本は菩提を弔うため、日蓮に屋敷を献上し法華堂を建立する。これが、妙本寺の前身である。その後、日蓮の弟子・日朗が妙本寺を継承した。以後、日蓮宗の重要な拠点となった。池上本門寺と当山は両山一首制で一人の住職が管理していた。江戸時代には池上本門寺に住職がおり当山は司務職として本行院の住職が管理していた。1842年（天保13年）天保の改革にて廃寺となった感応寺の厨子を移設する。両山一首制は1941年（昭和16年）まで続いた。江戸初期の弾圧までは不受不施派の末寺を多く抱えていた。26寺で末寺の68％を占めていた。2004年（平成16年）由緒寺院から霊跡寺院に昇格。