世尊院（せそんいん）は、東京都杉並区阿佐谷北にある真言宗豊山派の寺院。山号は阿谷山。正式名称は、阿谷山正覚寺世尊院。
当寺院は、1429年頃にそれまで阿佐ヶ谷の地にあった宝仙寺（この頃に中野坂上に移転し、現在に至っている。）の子寺として創建されたと言われている。現在の本堂は1935年のもの。1973年に傍を走る中杉通り建設のため現在地に移築された。現在では中杉通りを挟んで東側に本堂が、西側に墓地、観音堂などがある。明治時代から大正時代にはかつての杉並村の役場が当寺院の境内に置かれたこともあった。
本尊は不動明王立像。