箱根神社（はこねじんじゃ）は、神奈川県足柄下郡箱根町元箱根にある神社である。旧社格は国幣小社。かつては箱根権現、三所大権現とも称された。
孝昭天皇の時代に聖占上人が駒ケ岳に神仙宮を開き、神山を神体山として祀ったのが始まりとされ、山岳信仰に大きな影響を与えたといわれている。奈良朝の初期、万巻上人が箱根大神様の御神託によってこの地に里宮を建て、僧・俗・女の三体の神を箱根三所権現として祀った。また、当社には九頭龍を守護神として祀っている九頭龍神社本宮があり、こちらは万巻上人が人々を苦しめていた芦ノ湖の九頭龍を調伏したという伝承が残されている。
九頭龍神社の本宮は箱根神社の境外社であるが、新宮は境内社として、箱根神社拝殿に隣接している。