妙蓮寺（みょうれんじ）は、京都府京都市上京区にある、本門法華宗の大本山。山号は卯木山。塔頭が8院ある（恵光院、玉龍院、本光院、円常院、堅樹院、慈詮院、本妙院、常住院）。
妙蓮寺は鎌倉時代の僧日像によって創建された。日像は日朗（日蓮の高弟）に師事し、後に日蓮の遺命を受けて帝都における布教に努めた。五条西洞院（現京都市中京区）の酒屋柳屋仲興は日像に帰依し、永仁2年（1294年）その夫人（妙蓮法尼）によって邸内に法華堂が建立され、妙法蓮華寺と号した。寺はその後荒廃したが、応永年間（1394年 - 1428年）、日慶により四条大宮（現京都市下京区四条大宮町付近）に再興され、寺号を妙蓮寺とした。その後、公家の庭田重有の子・日応を住持に迎えた。
妙蓮寺は天文5年（1536年）、天文法華の乱で焼失し、堺に避難するが、天文11年（1542年）、後奈良天皇は法華宗帰洛の綸旨を下し、妙蓮寺は同年大宮元誓願寺通（現京都市上京区）に伽藍を再建した。同地付近には「元妙蓮寺町」の町名が残る。
天正15年（1587年）、豊臣秀吉の命により、現在地に移転。享保15年（1730年）の西陣焼けでは、本堂、祖師堂などの主要堂宇は焼け残ったが、天明8年（1788年）の天明の大火により伽藍を焼失。寛政元年（1789年）再建された。