本妙寺は京都府八幡市八幡城ノ内34の法華宗(真門流)寺院。華宗に属する日蓮宗真門派本隆寺末寺。日蓮上人像を安置する。
開山は室町時代の末期（1570年ごろ）。本堂前にある碑は、桃山時代前期（1579年）、本山第二世の日門上人の殉教碑で法華宗と浄土宗との宗論（安土問答と呼ばれる）で織田信長は、浄土宗を勝ちとし、日門上人は犠牲となった。
松花堂昭乗を養育した竹内伊予守の寺である。