今から約千年ほど昔、桓武天皇第六代皇胤平将門は時の朝廷の政策に憤りを覚え、承平天慶の乱を起こしました。ですが藤原秀郷・平貞盛等に鎮められ、捕えられ、首を討たれてしまいました。討たれた首は京都にてさらし首となりましたが、故郷の恋いしさあまり、首は獄門を抜けて関東へ戻ろうと飛び立ちました。しかしその異変を知った美濃国南宮大社は平将門の首が関東に戻る事で再び起こるであろう乱を恐れ、祈願し、神社に座する隼人神が東へ飛び行く平将門の首を射落としました。そうやって首が落ちた荒野では、将門を神として崇め祀ることにより、首が再び関東へ戻らないよう、怒りを鎮め霊を慰めるために創建されたという伝承が残されています。
こういった謂れから当社は首から上の病気、目や頭などの病気平癒に後利益があるとされています。そのほか、近年では学業成就や合格祈願などの御利益があるとされ、首から上の病気に悩む方や、学業向上を願う方など、老若男女問わず多くの人が訪れます。また、2011年（平成23年）には、大垣市景観遺産（歴史文化遺産）に指定されました。