飛騨国分寺（ひだこくぶんじ）は、岐阜県高山市にある高野山真言宗の寺院である。山号は医王山（医は旧字体が正式）。
741年（天平13年）、聖武天皇により国分寺建立の詔が発せられ、757年（天平勝宝9年）頃、行基によって建立されたという。
819年（弘仁10年）、火災で焼失。855年（斉衡2年）ころ、再建される。
室町時代に本堂が再建されるが、詳しい時期は不明である。七重塔（現三重塔）に再建記録とほぼ同じと推測すると、応永年間に焼失後再建され、1585年（天正13年）、金森長近が姉小路頼綱の松倉城を攻めたさいの兵火で焼失する。この後、再建と考えられる。
1615年（元和元年）に三重塔が再建されるが、1791年（寛政3年）に暴風雨で倒壊。1820年（文政3年）再建されたのが現在の塔である。
1695年（元禄8年）、飛騨国が天領となり、高山城が取り壊され、一部は飛騨国分寺に移築され、鐘楼門などに利用される。

飛騨三十三観音霊場第一札所、中部四十九薬師霊場四十一札所