菌神社は滋賀県栗東市中沢1番の神社。
明治時代までは草平社と呼ばれていた。菌とは「きのこ」のこと。637年頃武田折命が乳母の田を植えたところ一晩できのこが生えたという由来がある。
菌は「クサビラ」と読む。古代、飢饉の時に食べられるキノコが大発生し、人々を餓死から救ったといわれている。
５月５日の例大祭では、ジャコのナレズシが供えられる。