安房神社の創始は、神武天皇が初代の天皇として即位した皇紀元年(西暦紀元前660年)と伝えられております。神武天皇の御命令を受けられた天富命(下の宮御祭神)は、肥沃な土地を求められ、最初は阿波国(現徳島県)に上陸、そこに麻や穀(カジ＝紙などの原料)を植えられ、開拓を進められました。
その後、天富命御一行は更にさらに肥沃な土地を求めて、阿波国に住む忌部氏の一部を引き連れて海路黒潮に乗り、房総半島南端に上陸され、ここにも麻や穀を植えられました。この時、天富命は上陸地である布良浜の男神山・女神山という二つの山に、自身の先祖にあたる天太玉命と天比理刀咩命をお祭りしたとされており、これが現在の安房神社の起源となっています。
養老元年(717年)になると、吾谷山の麓である現在の場所に安房神社が遷座され、それに伴い天富命と天忍日命をお祭りする「下の宮」の社殿も併せて造営されました。
平安時代には、『延喜式』の「神名帳」に記載された式内社となり、その中でも特に霊験著しい名神大社として、国家から手厚い祭祀を受けておりました。またこの時代には、「安房国一之宮」としても、広く一般庶民からの崇敬も集めておりました。現在においても、安房国の一之宮で有ることには変りありません。
明治時代になると、新たな社格制度が制定され、当社は「官幣大社」を賜り、昭和20年の太平洋戦争終結まで、国家の管理下に置かれることとなっておりました。 しかし終戦時に、GHQによる「神道指令」によって、当社を含め、それまでの社格制度は全て廃止されます。昭和21年には、戦後発足した神社本庁によって、神社の由緒や活動状況を考慮して、特に優れたお宮に定められる「別表神社」の指定を受け、それ以降日本全国の多くの崇敬者と共に現在に至っております。